江苏省海涂研究中心前身为江苏省海洋环境监测预报中心，始建于2001年7月。2010年5月，在江苏省海洋环境监测预报中心基础上成立江苏省海涂研究中心。2010年9月国家海洋局发文同意与江苏省人民政府在江苏省海涂研究中心的基础上共建国家海洋局海涂研究中心。中心隶属于江苏省海洋与渔业局，是从事海洋环境监测评价、海洋灾害预警预报及海洋滩涂科学研究的正处级公益性全额拨款事业单位。